（一）准备室
准备室用于配制培养基和样品处理等。室内设有试剂柜、存放器具或材料的专柜、实验台、电炉、冰箱和上下水道、电源等。
（二）涤荡室
涤荡室用于洗刷器皿等。由于使用过的器皿已被微生物污染，有时还会存在病原微生物。因此，在条件允许的情况下，最好设置涤荡室。室内应备有加热器、蒸锅，洗刷器皿用的盆、桶等，还应有各种瓶刷、去污粉、肥皂、洗衣粉等。
（三）灭菌室
灭菌室主要用于培养基的灭菌和各种器具的灭病原微生物分类名录菌，室内应备有高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌装备及设施。
（四）无菌室
无菌室也称接种室，是系统接种、纯化菌种等无菌操作的专用实验室。在微生物事情中，菌种的接种移植是一项主要操作，这项操作的特点就是要包管菌种纯种，防止杂菌的污染。在一般环境的空气中，由于存在很多尘埃和杂菌，很易造成污染，对接种事情干扰很大。
（五）恒温培养室
1. 培养室的设置
（1）培养室应有内、外两间，阁房是培养室，外室是缓冲室。房间容积不宜大，以利于空气灭菌，阁房面积在3.2×4.4＝14m2左右，外室面积在3.2×1.8＝6m2左右，高以2.5m左右为好，都应有天华板。
（2）分隔阁房与外室的墙壁上部应设带空气过滤装置的通风口。
（3）为满足微生物对温度的需要，需安装恒温恒湿机。
（4）内外室都应在室中央安装紫外线灯，以供灭菌用。
2. 培养室内装备及用具
（1）阁房凡是配备培养架和摇瓶机（摇床）。常用的摇瓶机有旋转式、往复式两种。
（2）外室应有专用的事情服、鞋、帽、口罩、手持喷雾器和5%煤炭酸溶液、70%酒精棉球等。
3. 培养室的灭菌、消毒
同无菌室的灭菌、消毒措施。
小范围的培养可不启用恒温培养室，而在恒温培养箱中举行。
（六）普通实验室
举行微生物的观察、计数和生理生化测定事情的场所。室内的陈设因事情侧重点差别而有很大的差异。一般均配备实验台、显微镜微生物学通报、柜子及凳子。实验台要求平整、光滑，实验柜要足以容纳一样平常使用的用具及药品等。
（七）实验室其他要求
水、电、气等的容量、布设、性能均应满足实验室事情的需要。
